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原則は肉類同様、「内臓、皮、脂肪を食べないこと」です。汚染物質は内臓や脂肪部に溜まるので、避けた方が無難です。特に、養殖魚は皮も食べずに残した方が良いでしょう。頭の部分にも有機水銀などが溜まるため、切り落とした方が良いです。また、湯通しすると汚染物質が湯の中に溶け出すため、鍋や煮魚はもちろん、焼き魚も、一度湯通ししておくことが望ましいです。煮魚にする場合、煮汁には汚染物質が溶け出しているので、あまりたっぷりかけて食べない方が良いです。照り焼きや漬け焼きも、漬け汁の中に汚染物質が溶け出すので、焼く直前に軽く漬け汁を洗って焼くと安心して食べられます。もしくは、最初に付けていた汁を捨ててしまい、新しいものに漬け直しても良いでしょう。

有害物質を避けるためには、どうしても一手間必要になります。それが嫌であれば値段の張るものを買うようにします。安全性は確率論的に値段に比例しています。結論は、「手頃なものを買って手間をかけるか」、「高くてより安心出来るものを買ったり、食べたりするか」に至るのです。